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Die Methylentetrahydrofolatreduktase ist im Folsäurestoffwechsel an der Remethylierung von Homocystein zu Methionin beteiligt. Eine reduzierte Enzymaktivität erhöht das Risiko für das Entstehen einer Hyperhomocysteinämie. Genetische Variante im MTHFR-Gen sind mit einer deutlich reduzierten Enzymaktivität und einem erhöhten Risiko für das Entstehen einer Hyperhomocysteinämie assoziiert. Für einen ausgeglichenen Homocysteinstoffwechsel ist aber auch eine ausreichende Versorgung mit Vitamin B6, B12 und Folsäure erforderlich.
Methotrexat ist ein Folsäureantagonist und kann bei Einnahme das Risiko einer Hyperhomocysteinämie erhöhen. Insbesondere Träger von Varianten des MTHFR Gens haben ein erhöhtes Risiko einer Hyperhomocysteinämie bei Gabe von Methotrexat. Nach neuesten Informationen der Literatur (Stand: 2012) an Patienten unter Methotrexattherapie haben in einer Meta-Analyse an 44 Studien gezeigt, dass Träger dieser genetischen Varianten ein erhöhtes Risiko für hämatotoxische, hepatotoxische und neurotoxische Nebenwirkungen aufweisen.